气相色谱仪和高效液相色谱仪虽然都属于色谱仪，但在功能上有很大区别，仪器发挥检测作用的元件是检测器，二者在这方面有不同之处，不同检测器灵敏度略有不同，有的可以检测纳米级别的物质，比如火焰离子化检测器，有的则只能检测毫克或者微克级别，具体选择哪一类检测器还需根据实验要求。
气相色谱分析仪的检测器类型较多，通过更换灵敏度更高的检测器可以实现各种低含量物质的检测。这里简单介绍一下氮磷检测器，它其实检测的是氮磷盐的含量，在检测器探头表面会发生化学反应，只要待测样品中含有这两种物质就会在这里被还原。如果实验中主要检测含有氮磷的化合物用这类检测器正合适。如果用它来检测其它物质，灵敏度会大大降低。氮磷检测器的专一性和精确度很高，在农产品加工、药物研究等方面用处很大。
高效液相色谱仪的分离能力很强，这源于流动相种类的不断丰富，在检测器方面，它还没有气相色谱仪多，但它的电化学检测器也得到广泛使用。当样品在仪器中流动的时候会在检测器探头一端发生电化学反应，这个时候检测器就会捕捉到信号，软件将这种信号进行处理得出人们想要的色谱图以及相关数据。它可以检测的物质种类较多，只要是具有一定氧化性或者还原性的元素都能被检测出来。
除了各自特有的检测器之外，两种色谱仪还有可以共用的检测，就是和质谱仪联用之后将它作为检测器的情况，即MS检测器。质谱仪的特点是可以对物质进行定量分析，而色谱仪与质谱仪联用以后，检测仪器的功能性增强。如果能找到更多适合质谱仪的流动相，液相色谱仪将和质谱仪有更多的联用机会。
